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資訊系統部由一位助理處長掌管，負責處理處內一切有關資訊系統的發展和運作、紀錄管理及個人資料私隱保障事宜。
資訊系統部組織圖
面對不斷轉變的社會及經濟環境，本處一直抱着與時並進、精益求精的態度制定資訊科技策略，以配合21世紀數碼化年代，並積極研究採用各種高新科技，為市民提供有效率和高質素服務，同時確保本處的業務常規及工作程序均遵照《個人資料（私隱）條例》的規定。
資訊系統部按功能劃分為四個科別，負責處理本處資訊系統及相關事宜。資訊系統（發展）科負責制定及推行處內的資訊系統策略和開發新的資訊系統，以應付未來工作需求。資訊系統（運作）科負責管理目前運作的資訊系統，確保系統保安以及不斷優化及更新各系統和有關程序。紀錄及數據管理科負責一切有關資料私隱、公開資料和處內紀錄管理的事宜。科技服務科則為處內電腦系統的應用及發展提供技術支援。前三個科別各由一位首席入境事務主任掌管，而科技服務科則由一位總系統經理掌管。
本處於二零一六年至二零一七年間分階段推行「出入境管制系統」，用以取代和整合四個日漸老化的管制站系統，以應付新的業務需要。此外，該項目亦包括提升437條e-道為多功能e-道、增設158條多功能e-道、推出「離境易」服務讓持有電子旅行證件的合資格訪港旅客無須預先登記便可使用e-道辦理自助離境手續，以及推出其他新功能，從而提升管制站的整體處理能力。
為進一步加強e-道的功能，令使用上更便捷，本處自二零一八年起於新管制站推出新設計的e-道，當中包括高鐵西九龍管制站、港珠澳大橋管制站和香園圍邊境管制站。新e-道除了提高管理維護的效率外，亦能為市民提供更便捷舒適的使用體驗。
截至二零二零年年底，各管制站共設有757 條多功能e-道，可靈活調配供合資格的香港居民或訪港旅客使用。
截至二零二零年年底，各管制站共設有757 條多功能e-道，可靈活調配供合資格的香港居民或訪港旅客使用。
現時，羅湖及落馬洲支線管制站各設有六條跨境學童e-道供11歲以下就讀小學的跨境學童使用。本處亦已於落馬洲支線、深圳灣、落馬洲、沙頭角、文錦渡及羅湖管制站實施「跨境學童簡易過關程序」。本處人員以便攜式出入境檢查裝置為已登記的跨境學童提供更快捷的出入境檢查服務。
機場管制站的e-道服務已擴展至18歲或以上持有香港特別行政區旅遊通行證、註有「HKG」區碼的亞太經合組織商務旅遊證或香港國際機場訪港常客證的經常訪港旅客。這項服務亦進一步擴展至多間航空公司的合資格飛行常客會會員。經常訪港旅客如持有無須入境簽證／進入許可來港的有效旅行證件，並在登記時於過去12個月內經香港國際機場訪港三次或以上，以及在香港沒有不良紀錄，亦可登記使用e-道服務。
為使港澳兩地居民出入境更加便利，已登記的澳門永久性居民自可使用所有管制站的e-道辦理出入境手續。同樣地，合資格的香港居民亦可使用澳門管制站的自助出入境檢查服務。持有《香港特別行政區簽證身份書》的香港非永久性居民和持有《澳門居民往來香港特別行政區旅遊證》的澳門非永久性居民亦可享用此便利措施。
本處在羅湖管制站推出「快捷e-道」，為現時可使用e-道服務的18歲或以上已登記的香港居民，提供更快捷的e-道服務。該服務於二零一八年十一月擴展至深圳灣管制站及落馬洲支線管制站。
本處在落馬洲支線、港澳客輪碼頭、深圳灣、中國客運碼頭、羅湖、高鐵西九龍和港珠澳大橋管制站推出具語音輔助功能的e-道，供視障人士辦理自助出入境手續。該服務於二零二零年五月和八月分別擴展至紅磡管制站和香園圍邊境管制站。使用此服務的人士只需在e-道入口按下啓動按鈕，增設的語音系統便會提供適當的語音提示，引導他們完成出入境手續。
根據互相使用自助出入境檢查服務的安排，合資格的香港特區護照持有人可登記使用參與國家／地區的自助出入境檢查服務，而參與國家／地區的合資格護照持有人亦可登記使用香港的e-道服務。繼與韓國、新加坡、德國和澳洲推行互相使用自助出入境檢查服務的安排後，本處於二零一八年九月亦與泰國推行相似安排。此外，自二零一八年十二月起，香港與新加坡進一步為登記「互相使用自助出入境檢查服務」提供便利措施，讓雙方的合資格護照持有人往來兩地時更為方便。
本處現正積極與其他國家／地區商討互相使用自助出入境檢查服務，預期陸續會有更多國家／地區成為我們這方面的合作伙伴。
合資格的香港特區護照持有人可登記使用參與韓國、新加坡、德國、澳洲和泰國的自助出入境檢查服務。
已辦妥登記的領事團身份證持有人可使用設於各管制站的e-道辦理自助出入境檢查手續。此外，本處於二零一九年二月推出新式樣領事團身份證。新領事團身份證內置晶片，已登記的持證人可使用該身份證在e-道辦理出入境手續。
「新一代智能身份證系統」是一個聯機資訊系統，用以支援申請智能身份證的整個流程，包括預約、登記、印製以至簽發程序，是自助出入境檢查服務的基礎。「新一代智能身份證系統」已於二零一八年十一月在五間人事登記辦事處推出，而支援全港市民換領身份證計劃的系統功能亦於同年十二月在九間智能身份證換領中心投入運作。新智能身份證採用高質量聚碳酸不碎膠製成。新智能身份證的晶片除了支援現有的接觸式介面外，亦同時支援非接觸式介面，減低因為讀卡而對身份證和晶片造成的損耗，令身份證更加耐用。此外，新智能身份證加入多種新穎先進的防偽特徵和精密的防偽設計，再配合比現有智能身份證更複雜的卡面圖案背景，可更有效防止身份證被偽冒或其照片被替換。「新一代智能身份證系統」提供多項新功能及設施，讓市民可享用更便捷的服務，當中包括預約申領或換領新智能身份證、預先填寫相關電子表格及查詢輪候狀況等的流動應用程式。此外，新增設的自助取籌服務站、自助登記服務站及自助領證服務站均可讓市民享用更便捷的服務。
為配合在二零一九年五月推出的「到訪院舍換證服務」，本處開發了一個嶄新的流動登記系統，讓本處的外展隊職員能在安老院及殘疾人士院舍為院友提供到訪換證服務。
「新一代電子護照系統」支援一站式的申請旅行證件服務，包括預約、處理申請及旅行證件簽發。「新一代電子護照系統」已於二零一九年五月十四日推出，以配合新版香港特區電子護照及電子簽證身份書的簽發工作。新一代電子護照及電子簽證身份書加入了多種新穎先進的防偽特徵，包括浮凸防偽圖案、全色螢光印刷及以激光刻蝕技術刻印上持證人照片的透視窗，有效提高其安全性、可靠性及互通性。此外，為照顧視障人士的需要，新一代電子護照及電子簽證身份書的個人資料頁背頁可以點字印上證件號碼及有效期，以便視障人士識別其旅行證件。「新一代電子護照系統」亦引入了多項新措施以優化護照申請程序，當中包括11歲以下的合資格申請人可在網上遞交護照申請、透過手機應用程式遞交護照申請，以及預約時預先填寫電子申請表。此外，申請人可選擇在申請證件服務站免費自助拍攝照片，過程更快捷方便。服務站更新增了八達通和「轉數快」付款功能，為市民提供更多繳費選擇。此外，領取護照服務站已於二零二零年十月三十日推出，合資格的特區護照申請人可選擇以自助方式領取特區護照。
新一代電子護照採用市場上最先進的防偽特徵，以保持其安全性、可靠性及全球互通性。
個案簡易處理系統是一個聯機資訊系統，用以支援處理簽證、許可證、旅遊通行證等申請，以及與出生、死亡和婚姻有關的登記事宜及調查個案。個案處理人員可利用電腦工作站儲存和閱覽紀錄。透過電子紀錄計劃及檔案管理系統，處理上述各項申請及登記事項的服務水平得以提升。通過利用先進的科技和設計，系統能更有效地處理及管理行動和行政紀錄的工作，推動無紙化工作環境。此外，配合電子服務系統的使用，市民可通過互聯網享用有關的電子服務，包括預約及遞交申請等。
台灣居民預辦入境登記讓合資格的台灣居民可直接透過電子方式經互聯網提交免費預辦入境登記，無須經由台灣航空公司辦理申請，並可即時顯示申請結果，進一步為來港的台灣居民帶來便利。
印度國民也可透過電子方式經互聯網提交免費預辦入境登記來港旅遊或過境。
旅遊通行證簽發系統支援簽發旅遊通行證給經常訪港的旅客。旅遊通行證上的電腦可讀資料透過光學字體辨讀機輸入系統，持證人可在各管制站的「香港居民」櫃枱快捷地辦理出入境手續。
亞太經合組織商務旅遊證計劃利用電子數據聯通系統，方便獲認可的商務旅客在前往亞太區各成員地區前，能預先申請批核入境申請。來港的商務旅遊證持有人可使用各管制站內的「香港居民」櫃枱辦理出入境手續。
政府辦公室電腦化系統為本處內部及香港特區政府各決策局與部門之間，提供快捷的通訊和發布消息的途徑。
電子處理假期申請系統是首個政府與僱員電子服務項目。本處所有員工均可透過本處任何已聯網的電腦工作站，在網上處理假期申請、計算及紀錄假期。
行動及行政支援資訊系統是一個聯機資訊系統，旨在提升行動及行政範疇的工作效率。該系統令人事、物料供應及存貨資料的管理更為方便。
電子紀錄（行政）系統是電子紀錄計劃下的一個電子紀錄及文件管理系統。這個系統利用先進的資訊科技和採用政府辦公室自動化工作站及掃描器，藉以提升部門員工處理行政檔案的效率。本處所有員工均可在辦公室內使用此系統處理行政檔案。
本處的內聯網提供電子渠道供迅速發放多媒體資訊，加強員工的溝通，並作為線上自學課程的平台。
為進一步提升用戶體驗，本處於二零二零年十二月十二日推出了全新的網頁。新網頁採用流動友善的設計，方便市民使用各種流動裝置瀏覽部門網頁。市民除了可透過本處網頁獲得最新的消息和資訊外，亦可透過網頁連結瀏覽相關政府部門／機構的網站。
入境處於二零二零年推出全新的網頁，透過「流動友善」的設計，方便市民使用各種流動裝置瀏覽部門網頁。
資訊匯庫系統提升了部門提供及分析各類統計數據的能力，以便管理層參考並作出決策及資源規劃。
本處推出「入境處流動應用程式」，讓市民及訪客能隨時隨地透過他們的手機或流動裝置閱覽入境處各陸路邊境管制站的估計旅客輪候過關狀況，以及入境處的其他資訊，例如入境處各辦事處的辦公時間。自流動應用程式推出以來，本處繼續優化該流動應用程式並豐富其內容，例如加入「外遊小錦囊」以提示市民外遊時須注意的事項，以及新增連接本處YouTube頻道的連結。
此外，為配合推出新一代智能身份證和實施「全港市民換領身份證計劃」，本處於二零一八年十一月二十六日推出更新版本的「入境處流動應用程式」，加入「預約申領身份證」及「全港市民換領身份證計劃資訊」兩項新電子服務。新一代電子護照及簽證身份書推出後，該流動應用程式於二零一九年五月十四日加入了「申請香港特區護照」、預約「申請香港特區旅行證件」及「領取香港特區旅行證件」等新功能，為辦理香港特區旅行證件的市民提供更大便利。
本處在二零二零年為流動應用程式加入了新的網上申請簽證服務，為需要辦理簽證申請的市民及訪客帶來更大便利，讓他們再無須親身到本處辦事處遞交申請。這項服務亦有助市民在2019冠狀病毒病疫情下保持社交距離。
入境事務處流動應用程式加入了新的網上申請簽證服務，讓辦理簽證申請的市民及訪客在2019 冠狀病毒病疫情下再無須親身到本處辦事處遞交申請。
本處十分重視個人資料私隱及紀錄管理，致力確保業務常規、工作程序及所持有的個人資料及紀錄，均按照《個人資料（私隱）條例》、其他相關法例、規例及指引來處理。本處制定、定期審視和更新部門保障個人資料和紀錄管理的政策、工作指引及程序，確保員工在處理個人資料時，均遵守有關規定，以及妥善管理各項紀錄。為提升本處保障個人資料私隱和紀錄管理，本處已推行「私隱管理系統」，並成立「私隱循規監察小組」以監控部門整體私隱循規情況及檢討相關私隱管理系統。與此同時，本處亦舉辦培訓講座、研討會和工作坊，提高員工對保障個人資料私隱和良好紀錄管理的意識，以及處理查閱個人資料和索取資料申請的能力，從而培養尊重私隱的文化。
本處致力提高員工對保障個人資料私隱和良好紀錄管理的意識，以及處理查閱個人資料和索取資料申請的能力。
截至二零二零年十二月三十一日，市民和其他使用者可通過香港政府一站通網站使用的電子服務包括：
本處正計劃在網上申請流程中加入「智方便」的「填表通」功能，自動為市民填寫個人資料，輕鬆快捷。
市民可根據《電子交易條例》指定的規格、方式及程序，以電子方式申請多項本處的服務，例如航機機長根據《入境條例》的規定提交列載全體機員和乘客的訂明詳情，以及市民根據《婚姻條例》的規定提出在教堂舉行婚禮而申請婚姻登記官證明書的要求。詳情可參閱本處網頁www.immd.gov.hk.
申請人除可親身或以郵遞方式提交申請外，亦可使用本處為市民而設的電子表格，填妥後經由互聯網遞交本處。申請範圍包括：
市民可於本處網頁下載這些電子表格。
自二零二零年十二月二十一日起，市民在各人事登記處和分區辦事處可透過「轉數快」以無接觸方式繳付申領身份證及旅行證件的費用，讓市民享有更多繳費選擇。本處亦正積極籌備在二零二一年年底前把「轉數快」繳費服務擴展至其他類別的申請。
為進一步便利市民，本處正計劃在多項電子服務中採用「智方便」， 包括在二零二一年年中加入「填表通」功能，讓巿民在網上申請香港特區護照，以及預填身份證和旅行證件申請表格時，無需重複填寫相同資料，令申請過程更簡單方便。
為改善服務質素，本處在二零一零年三月委聘顧問進行第三代資訊系統策略檢討，以制定長遠的資訊系統策略。有關檢討建議部門應推行以下獨立而又相互關聯的系統，以提升其服務質素和處理能力，應付日後具挑戰性的業務需求。
i. 新資訊科技基建設施；
ii. 出入境管制系統；
iii. 新一代智能身份證系統；
iv. 新一代電子護照系統；
v. 新一代個案簡易處理系統，包括：
vi. 人力資源管理系統。
「新資訊科技基建設施」項目下的兩所數據中心及一個新資訊科技基建設施已投入運作，而「出入境管制系統」亦已於二零一七年全面推行。此外，本處於二零一八年推出「新一代智能身份證系統」，以配合全港市民換領身份證計劃的推行。「新一代電子護照系統」亦已於二零一九年推出。
「新一代個案簡易處理系統」項目下的「簽證自動化系統」、「協助在外港人、生死及婚姻、居留權決策支援系統」和「執法個案處理系統」現正進行開發工作。新系統預計將於二零二一年第三季起分階段推行。
至於「人力資源管理系統」項目，有關的可行性研究將於二零二一年第二季完成。
本處的「新一代智能身份證系統」獲「2020香港資訊及通訊科技獎」主辦當局頒發商業方案（商業及公營機構）金獎及商業方案大獎，以表揚本處在善用資訊科技提供優質公共服務方面的貢獻和努力。
「新一代智能身份證系統」獲「2020 香港資訊及通訊科技獎」主辦當局頒發商業方案（商業及公營機構）金獎及商業方案大獎。