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二零二二年年初，第五波新型冠狀病毒病疫情嚴峻，為香港帶來前所未有的挑戰。本處走到最前線，與市民一同抗疫，其間緊急調派人員參與多次封區強制檢測行動，更借調人員到個案追蹤辦公室，協助加緊追蹤密切接觸者及協助衞生署人員簽發檢疫令。為應對嚴峻疫情，政府須在短時間內設立和管理大量隔離及檢疫設施，本處遂迅速派員支援檢疫酒店／設施的管理工作。面對急速變化的疫情，本處秉持以民為本的精神，緊守崗位，堅定不移，與香港市民同行抗疫路。
本處人員在個案追蹤辦公室的總服務時數
自第五波疫情爆發以來，本處多次調派人員參與「限制與檢測宣告」行動，包括二零二二年一月在葵涌邨展開的行動，有40多名人員參與。
為應對第五波疫情，本處借調大量人員到衞生防護中心的個案追蹤辦公室，協助進行追蹤工作。由二零二一年一月至二零二二年年底，本處人員在個案追蹤辦公室的總服務時數超過22萬小時，高峯時期每天有150 名職員參與個案追蹤工作。
口岸措施方面，管制部人員在不同的管制站採取的措施包括：執行與抗疫防疫相關的非香港居民入境限制措施；協助衞生署識別不符合當時檢疫政策入境規定的旅客；處理意圖於檢疫令尚未屆滿前經管制站離港人士；以及安排把不符合檢疫政策入境規定的人士遣送離港。
入境事務學院調派多名訓練主任到保安局轄下的緊急事故監察及支援中心控制室，24小時監察緊急事故，以及協助統籌各紀律部門的抗疫工作。
為協助衞生署加強監察根據《若干到港人士強制檢疫規例》（第599C章）接受檢疫的人士，管制部於二零二零年二月成立特別行動小組，負責上門突擊檢查家居檢疫人士，以確保相關人士遵守檢疫令。截至二零二二年十二月，已有超過140名人員參與有關工作，共突擊檢查了18 526名檢疫人士及 15 536處報稱的居所。
因應第五波疫情急劇惡化，本處迅速派員支援檢疫工作，並於二零二二年三月全面接管青衣、新田及洪水橋的方艙社區隔離設施。上述三個設施合共提供超過 2 500個房間作隔離之用，可容納接近 8 000人。本處於高峯期曾派出超過1 100名人員到隔離設施輪班工作，24小時為入住人士提供所需物資和適切支援，總服務時數超過35萬小時。
世界各地因疫情實施旅遊限制，以致部分身在香港境外的非永久性居民未能適時回港申請延期逗留。因此，本處由二零二二年四月八日起，准許身在香港以外地方的合資格非永久性居民申請延長逗留期限。自措施推出至二零二二年年底，已有 22 720宗申請獲批。
因應第五波疫情急劇惡化，本處迅速派員支援檢疫工作，並於二零二二年三月全面接管青衣、新田及洪水橋的方艙社區隔離設施。上述三個設施合共提供超過 2 500個房間作隔離之用，可容納接近 8 000人。本處於高峯期曾派出超過1 100名人員到隔離設施輪班工作，24小時為入住人士提供所需物資和適切支援，總服務時數超過35萬小時。
世界各地因疫情實施旅遊限制，以致部分身在香港境外的非永久性居民未能適時回港申請延期逗留。因此，本處由二零二二年四月八日起，准許身在香港以外地方的合資格非永久性居民申請延長逗留期限。自措施推出至二零二二年年底，已有 22 720宗申請獲批。
為提高處理效率，本處於二零二一年十二月起分階段推出了電子化簽證申請服務，並於二零二二年十一月二十九日把服務擴展至所有簽證類別，讓申請人可隨時隨地透過入境處流動應用程式、入境處網站或香港政府一站通網站「一條龍」完成整個遞交申請、繳費和領取電子簽證的程序，無須親身前往入境處辦事處處理，既方便省時，也可減少人羣聚集，全面配合政府的抗疫政策。
本處於二零二一年十二月率先在香港國際機場、港珠澳大橋及深圳灣管制站推出「非觸式e-道」服務，並於二零二二年把服務擴展至所有出入境管制站，讓合資格的香港居民以容貌識別技術辦理自助出入境檢查手續。 「非觸式e-道」服務能減少使用者與共用設備接觸，並提供更快捷、方便和衞生的出入境服務。
二零二二年，隨着疫情放緩，入境檢疫措施逐步放寬，更多香港居民安全返港，本處的「協助在外香港居民小組」處理的求助個案亦逐漸回落，全年共有1 679宗求助個案，當中有325宗與疫情相關。
在第五波疫情最關鍵的時刻，中央政府大力支持香港抗疫，援建方艙社區隔離設施。在中央、其他省市及各企業的協助下，保安局籌建的六個方艙社區隔離設施在一個月內完成交付，並於二零二二年三月相繼投入服務。
本處迅速抽調超過1 100名人員加入保安局的抗疫特遣隊，在極短時間內完成籌備工作，並全面接管青衣、新田及洪水橋三個共提供超過2 500個單位的社區隔離設施，24小時照顧超過10 000名入住確診者。
本處人員日以繼夜按入住者要求派送、補給及盤點所需物資，風雨不改，為抗疫爭分奪秒。
關愛小隊因應入住人士的不同需要，提供貼心物資。
處長率領入境處駐社區隔離設施代表、入境處義工隊及入境處青少年領袖團成員，派送物資給有需要人士。
青衣社區隔離設施於二零二二年三月一日啟用，佔地5.3公頃，提供約 1 300個建成單位。
新田社區隔離設施於二零二二年三月九日啟用，佔地3.8公頃，提供約720個建成單位。
洪水橋社區隔離設施於二零二二年三月十七日啟用，佔地3公頃，提供約550個建成單位。
處長親身到訪位於新田的方艙社區隔離設施，勉勵前線人員並肩作戰，共同抗疫。
膳食送到後，本處人員隨即檢查食物溫度和品質，爭取盡快把食物派送給入住人士。
本處人員日以繼夜按入住者要求派送、補給及盤點所需物資，風雨不改，為抗疫爭分奪秒。
方艙社區隔離設施交付後，本處人員火速進行籌備工作，包括指揮交通、搬運物資及整理房間等，為接收隔離人士作全面準備。
本處全面管理青衣、新田及洪水橋三個方艙社區隔離設施期間，轄下人員每天須穿戴全副保護裝備，為入住人士辦理登記手續，以及帶領他們入住單位。此外，本處人員負責觀察入住人士的日常情況、制定離營安排、派送所需物資、管理庫存、進行補給及盤點工作、維持隔離設施日常運作，以及聯絡不同持份者。疫情嚴峻之時，維持方艙社區隔離設施內的秩序尤其重要。本處人員在設施的感染區及不同區域實施人流管制，確保物資有序運送。
本處在不同方艙社區隔離設施內均採用「小區管理」模式，安排專責人員點對點照顧隔離人士所需、設立24小時專線及 WhatsApp支援服務，回應入住人士的查詢和訴求。本處亦成立關愛小隊，走訪設施內不同小區，主動協助有需要的人士，例如長者、殘疾人士及少數族裔人士等，體現「以人為本」精神。
二零二二年五月，在中央政府的全力支持和市民齊心抗疫下，疫情逐漸緩和，方艙社區隔離設施亦轉為備用狀態。為物盡其用，本處與社福機構合作，將設施的物資轉贈給社區內的有需要人士，並安排入境處青少年領袖團的成員參與有關工作，將本處「以人為本」的信念帶入社區，延續方艙關愛精神。
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