新入境事務處總部坐落於將軍澳市中心,由行政大樓和執法大樓組成。兩座大樓由空中連接橋貫通,體現部門服務與執法並重的精神。行政大樓設有部門的公共服務辦事處、行政辦公室、數據中心、身份證及護照印製中心等。至於執法部與遣送審理及訴訟部轄下分散在各區的辦事處,以及馬頭角羈留中心等設施,則集中設置在執法大樓內。
兩座大樓之間預留了適當的通風及採光通道,外牆亦採用低反光和高透光度的玻璃物料,配合綠化及其他遮陽裝置,為新總部營造出舒適宜人的公共服務空間及工作環境。
新總部的空間設計秉承「以人為本」的宗旨,融入現代辦公室概念,以加強協作及靈活性,並提升開放度。公眾服務區域加入了大量共融及便民設計元素,並設有育嬰室、通用洗手間、無障礙設施、充電站、飲水機等,以照顧不同服務使用者的需要。
新總部採用水冷式製冷機、光伏系統及雨水收集系統等多種節能裝置和可再生能源技術,並設有園林景觀和垂直綠化。大部分樓層亦配備動態感應器,自動控制辦公室燈光,以減少能源消耗。
行政大樓地下大堂設置了一幅約六米寛的特色牆,巧妙地以光影拼湊出維多利亞港的璀璨景致。
傳媒招待室設有大型發光二極管顯示屏及先進的音響設備,用途甚廣,可供舉行新聞發布會及不同形式的傳媒活動。
執法大樓的列隊認人室及錄影會面室均配備完善的錄影及錄音設施。本處亦增設了錄影會面室,以配合調查及搜證工作的需要。