新入境事务处总部坐落于将军澳市中心,由行政大楼和执法大楼组成。两座大楼由空中连接桥贯通,体现部门服务与执法并重的精神。行政大楼设有部门的公共服务办事处、行政办公室、数据中心、身份证及护照印制中心等。至于执法部与遣送审理及诉讼部辖下分散在各区的办事处,以及马头角羁留中心等设施,则集中设置在执法大楼内。
两座大楼之间预留了适当的通风及采光通道,外墙亦采用低反光和高透光度的玻璃物料,配合绿化及其他遮阳装置,为新总部营造出舒适宜人的公共服务空间及工作环境。
新总部的空间设计秉承「以人为本」的宗旨,融入现代办公室概念,以加强协作及灵活性,并提升开放度。公众服务区域加入了大量共融及便民设计元素,并设有育婴室、通用洗手间、无障碍设施、充电站、饮水机等,以照顾不同服务使用者的需要。
新总部采用水冷式制冷机、光伏系统及雨水收集系统等多种节能装置和可再生能源技术,并设有园林景观和垂直绿化。大部分楼层亦配备动态感应器,自动控制办公室灯光,以减少能源消耗。
行政大楼地下大堂设置了一幅约六米寛的特色墙,巧妙地以光影拼凑出维多利亚港的璀璨景致。
传媒招待室设有大型发光二极管显示屏及先进的音响设备,用途甚广,可供举行新闻发布会及不同形式的传媒活动。
执法大楼的列队认人室及录影会面室均配备完善的录影及录音设施。本处亦增设了录影会面室,以配合调查及搜证工作的需要。